Фильм «Код да Винчи» отклоняется от текста литературного бестселлера, на котором основан, лишь немного — создатели фильма сделали главного героя человеком с определенными убеждениями. Роман Дэна Брауна излагает теорию о том, что Иисус женился на Марии Магдалине, и у них был ребенок. Эти идеи вызвали протесты верующих всего мира.

Фильм излагает теорию о женитьбе и отцовстве Иисуса с большим скепсисом, нежели оригинальное творение Дэна Брауна. В фильме Роберт Лэнгдон (в исполнении Тома Хэнкса) выражает сомнения относительно этой идеи. В одном важном эпизоде Лэнгдон произносит: «История показывает, что Иисус был необыкновенным человеком. Почему он не мог быть отцом и при этом оставаться божественным?» В книге этих слов не было.

Создатели фильма пытаются уйти от жесткой позиции по вопросу о божественности Иисуса. Ближе к концу фильма Лэнгдон произносит: «Важно лишь то, во что ты веришь». Вопреки слухам, в фильме нет сцен, изображающих романтические отношения Иисуса и Марии Магдалины.

Тем не менее, картина все-таки изображает членов консервативной католической организации «Опус Деи» жестокими и бесчестными людьми. В фильме есть сцены самобичевания, которому предаются самые верные члены организации. Пол Беттани в роли монаха-альбиноса, члена «Опус Деи», избивает себя и носит волосяной пояс, чтобы чувствовать муки, понесенные Иисусом на кресте.

Как и книга, фильм утверждает, что церковь утаила от людей правду о том, что у Иисуса было множество потомков. Картина уделяет больше внимания мистике и духовным вещам. Романтические отношения между Лэнгдоном и Софии Невё (Одри Тоту) в фильме отсутствуют.